Ustawienia
Program można konfigurować w dwóch miejscach. Na zakładce menu Ustawienia oraz w systemowej aplikacji Ustawienia po wybraniu programu MojaFaktura.
Program MojaFaktura pozwala na posiadanie wielu kont, które możemy opisać także jako organizacje występujące pod jednym numerem NIP.
Aby dodać nowe konto stuknij w Dodaj konto. Zostaniesz poproszony o podanie paru podstawowych informacji o firmie lub organizacji.
Edycję ustawień konta dokonuje się po stuknięciu w 
.
Stuknięcie w nazwę konta powoduje zmianę aktywnego konta na wybrane.
Konta
Sekcja zawiera listę zdefiniowanych kont. Definicję kont znajdziesz znajdziesz w rozdziale Konto.
Baza danych
- Synchronizacja
 - Menu pozwalające na włączenie synchronizacji danych z kontem Dropbox. W zakładce tej można także zobaczyć aktualny status synchronizacji oraz ostatni kod błędu. Możliwe jest także rozłączenie synchronizacji. Więcej informacji znajdziesz w rozdziale Synchronizacja.
 - Obsługa plików
 - Menu zawierające listę dostępnych usługodawców przechowywania danych w chmurze. Obecnie dostępne jest Udostępnianie iTunes, czyli przechowywanie danych w urządzeniu oraz Dropbox.
 - Wykonaj kopię zapasową
 - Wykonuje kopię bezpieczeństwa. Uwaga! Kopia bezpieczeństwa nie wykona kopii zapisanych plików graficznych nie zapisanych w urządzeniu, czyli np takich, które znajdują się tylko w Dropbox.
 - Przywróć z kopii zapasowej
 - Przywraca wszystkie dane z pliku kopii z wybranego pliku.
 
Urządzenia
Sekcja zawierająca informacje o obsługiwanych mobilnych drukarkach termicznych Woosim, drukarkach fiskalnych oraz terminalach płatniczych. Możesz również skonfigurować adres IP czytnika kodów kreskowych lub przeczytać informację o innych skonfigurowanych czytnikach kodów.
Szablony
- Tłumaczenia
 - Zakładka zawiera wykaz wbudowanych tłumaczeń plików szablonów. Możliwe jest dodanie własnego tłumaczenia szablonu na dowolny z wybranych języków.
 
Bezpieczeństwo
- Użytkownicy
 - Lista użytkowników programu. Więcej w rozdziale Użytkownicy.
 - Kod odblokowania
 - Opcja pozwala na włączenie kodu blokady dostępu do programu przed osobami niepowołanymi.
 - Touch ID
 - Pozwala na odblokowywanie ekranu programu przy pomocy odcisku palca - opcja dostępna tylko na urządzeniach z Touch ID.
 - Zmień kod odblokowania
 - Pozwala na zmianę kodu blokady.
 - Wymagaj po
 - Czas po jakim kod blokady będzie wymagany.
 
Wsparcie techniczne
- Pomoc
 - Dostęp do niniejszej pomocy.
 - Wyślij email
 - Opcja pozwala na wysłanie do wsparcia technicznego logów z działania programu. Gromadzenie logów możesz włączyć w systemowej aplikacji Ustawienia.